是指殺滅或清除傳播媒介上的病原微生物，使之達到無害化的處理。根據有無已知的傳染源可分預防性消毒和疫源性消毒；根據消毒的時間可分為隨時消毒和終末消毒。

滅菌是指殺滅或清除傳播媒介上的所有微生物（包括芽胞），使之達到無菌程度。經過滅菌的物品稱“無菌物品”。用於需進入人體內部，包括進入血液、組織、體腔的醫用器材，如手術器械、注射用具、一切置入體腔的引流管等，要求絕對無菌。

消毒與滅菌是兩個不同的要領。滅菌可包括消毒，而消毒卻不能代替滅菌。消毒多用於衛生防疫方面，滅菌則主要用於醫療護理。

消毒、滅菌的原則明確消毒的主要物件應具體分析引起感染的途徑、涉及的媒介物及病原微生物的種類，有針對性地使用消毒劑。

採取適當的消毒方法根據消毒物件選擇簡便、有效、不損壞物品、來源豐富、價格適中的消毒方法。醫院診療器械按汙染後可造成的危害程度和在人體接觸部位不同分為三類：

高度危險的器材 穿過面板、粘膜而進入無菌的組織或器官內部，或與破損的面板粘膜密切接觸的器材，如手術器械、注射器、心臟起搏器等。必須選用高效消毒法（滅菌）。

中度危險的器材僅與面板、粘膜密切接觸，而不進入無菌組織內，如內窺鏡、體溫計、氧氣管、呼吸機及所屬器械、麻醉器械等。應選用中效消毒法，殺滅除芽胞以外的各種微生物。

低度危險器材和物品 不進入人體組織，不接觸粘膜，僅直接或間接地與健康無損的面板接觸，如果沒有足夠數量的病原微生物汙染，一般並無危害，如口罩、衣被、藥杯等，應選用低效消毒法或只作一般衛生處理。只要求去除一般細菌繁殖體和親脂病毒。