阿格拉城堡的故事與莫臥兒王朝有關。莫臥兒王朝始於1526年。那一年，巴布林的軍隊在德里北部的帕尼巴特戰役中打敗了洛迪王朝。始於艾巴克奴隸王朝、延續了300多年的“德里蘇丹國”就此而告終結，被莫臥兒王朝取代。莫臥兒王朝的首位皇帝巴布林（1526年-1530年在位），是亞洲中部西域大宛國出身的文人皇帝，有蒙古帝國帖木爾的血統。“莫臥兒”即蒙古之意。

巴布林在印度北部的德里站穩了腳跟，建立了王朝的基礎，但使莫臥兒王朝發展成為大帝國的，卻是他的孫子——年僅13歲便繼承帝位的阿克巴皇帝。“神只有一位，他是天地的創造者。阿克巴才是神在地上的代理人。”這是阿克巴即位30年後宣佈的。莫臥兒王朝的第三代皇帝沙拉爾·阿廷·穆罕默德（1556年-1605年在位）把自己叫做“阿克巴（大帝）”。就是這位大帝在他長達50年之久的統治時期，不知疲倦地征服周圍地區。同時他也是文化的建設者，擴大和興建了阿格拉、德里、法塔赫布林西格里三座都城，用雄偉壯觀的建築裝飾了莫臥兒帝國。他認為皇帝是“神放的光明，照耀世界的太陽”。他征服了大半個北印度之後，便想協調伊斯蘭教教徒與印度教教徒之間的關係，任用印度教教徒擔任帝國的重要職務。他著眼於帝國的統一和安定，承認西印度拉傑普特族諸侯保持的半獨立狀態，迎娶印度女性做妻子。這種思想也表現在建築上，他將印度教和耆那教的傳統建築與外來的伊斯蘭教建築綜合起來，產生了“阿克巴式”建築。

1566年，

阿克巴皇帝將亞穆納河西岸巖壁上建造一半的城堡定為帝國的首都。城牆和城門都是用這個地區出產的紅砂岩建造的，所以叫做“赤城”。一個世紀後，第六代皇帝奧朗則布建造了外城牆，並在雙層城牆間挖了護城河。城堡東側的城牆長達2。5千米，面向水很深的亞穆納河，易守難攻，可以說是無與倫比的堅固城堡。