在元末農民起義中，朱元璋從一個討飯的小和尚起步，逐漸脫穎而出；公元1356年率軍攻下集慶（今南京）後，將其改名為“應天”，但當時只是把該城作為臨時身之所。到公元1368年正月朱元璋由吳王而稱帝，改元洪武。同年8月，大將徐達、常遇春率軍攻入北京，元順帝北走，元朝政權滅亡。明朝政權逐步由偏處東南一隅的割據勢力一躍成為統一的全國政權。

漢唐故都長安已失地形優勢

長安形勢上有“崤函、終南之阻，渭、灞、滻之雄，百二山河之勝”，因此秦國以此為根基、統一關東六國；李唐王朝以此為都城、掃平隋末群雄，但此時天下形勢已經大變。全國經濟中心已轉至東南，如果定都西安，則南糧輸運時必須沿河溯流而上，轉運困難，難以保證供養，因此西安的定都之選被否定了。

太子朱標早亡，洛陽失去定都機會

洛陽“東壓江淮，西挾關隴，北依邙山，南望闕，曾為九朝之都”。朱元璋的皇太子朱標當時即意欲遷都於此。史載：“皇太子還自陝西，巡視關、洛之後，志欲定都洛陽，歸而獻地圖。”但事隔不久，太子朱標身亡，遷都洛陽之議擱置。太子朱標早亡這一偶然事件，使洛陽在明代再次成為帝都的希望破滅。

北京依然面臨嚴重的軍事威脅

當時雖然元順帝北走，但蒙元實力並沒有完全消失，“引弓之士，不下百萬眾也！”強大的軍事力量對北京構成了嚴重威脅。在這種情況下，如若不在北方某地設重兵防守，則北京城的安全難以保障，但若屯重兵，則兵權須交付諸將，又極可能形成尾大不掉之勢，重現歷史上曾出現的藩鎮割據局面。

不過，隨著洪武年間對北元勢力的一再征伐，至洪武二十年（公元1387年），元納哈出降，遼東地區歸附，北方蒙古的威脅也就大大減輕了，遷都北京的最大阻礙也就此消失了。永樂十九年（公元1421年），明成祖朱棣正式將明朝首都從南京遷到北京。從此以後，北京就是明代的政治中心