清末，中國已不再像大唐那般是世界的中心，沒落的清朝被無數列強侵蝕，到處都是蕭條的景象，但自19世紀90年代以來，日本佛教卻一直不間斷前來中國各地進行傳教，清末時期，中國百姓對西方傳教士是比較不滿的，經常會有民眾自主進行反洋教鬥爭。不過，由於中日兩國都有崇尚佛教的民間傳統，所以大批日本僧人來華之時，並沒有受到牴觸，反而得到了國內僧眾以及信男善女的熱烈歡迎。
但為了防止日僧來華引起的外交糾紛，清政府和日本公使館展開了四年多的交涉，在整個交涉過程中，清政府由於宗教外涉的複雜性，一直都沒有承認來華日僧傳教的合法性，所以日本僧人也沒有西方傳教士相同的權利。不過經過多年的交涉，仍舊無法爭取到和西方一樣的權利後，日本駐華領事館也就不再硬性堅持。
近代清朝的國門是在西方列強的炮火強攻之下強行被開啟的，在西方炮火的掩護之下，揹著十字架的傳教士們來到中華大地的土地上，建設教堂，招收信徒，甚至狂妄到干涉地方政府的執法，來華的西方傳教士，引起了許多外交糾紛。但因為傳教士強大背景的緣故，清政府只能依據條約，給予傳教士法律上的保護，另一方面，清政府又希望利用民眾的力量暗中對傳教士進行抵制，這種進退兩難的境地，使得清廷在對待來華傳教士問題上，一直窮於應付，卻始終沒有做出任何有效的抵制措施。清政府還在為來華傳教士引起的外交糾紛頭疼之時，來自日本的佛僧開始來到中國的國土進行傳教，這讓清政府更加頭疼，也讓原本就很複雜的涉外宗教事務變得更加難以應付。
佛教在中國盛行已久，不過自唐朝末年後，出現了好幾次大規模的滅佛運動，讓中國的佛教失去了往昔繁華，到了清雍正時期，改革了稅收制度，從以前的“人頭稅”改為“攤丁入畝”，自此，佛教和政府之間的“度牒制”也隨之被廢除。寺廟也就不再受到官府的保護，全國各地的寺廟成為了一盤散沙 ，佛門也不再全是清淨之門，僧徒的品行日益下降，寺廟成為了流民的住所，成為了老僧的養老所，清末時期，是佛法入中國以來，最為墮落的時期。
中國佛門墮落頹靡的訊息傳到日本之後，引起了日本佛界的高度關注，所以自1873年起，日本淨土真宗東本願寺就開始了在中國各地進行考察研究，日本僧人先後在上海、北京等地設立了分院，隨後在東部一帶設立了東文學堂。十九世紀末，隨著日本對中華入侵的不斷深入，來華的日本僧人也日益增多，各宗各派爭相來華開教，他們在臺灣設立大量的寺廟，宣傳奴化思想。1898年，東本願寺寺僧來到江寧府，並由日本政府提議，要求在江寧一帶修建寺廟與學堂。其實早在幾年前，江寧就拒絕了僧人修建寺廟的請求，日本多次提出，江寧知府照例多次拒絕，只允許日本在盧妃巷一帶設立東文學堂一所。
1899年，日本西本願寺僧人來到了北京，並向光緒皇帝進獻了日本佛經，並乘機透過日本駐華公使再次向總理衙門提出給予日本佛僧在華合法傳教的權利，總理衙門以中日之間的條約無此規定為由，拒絕日方的請求。不過在拒絕日方請求時，中國的說法很有意思，清政府對日本公館回覆，堅持認定所謂的“宗教”是指天主耶穌教，而其它教則不在宗教之內，接著又說日本如有傳習天主耶穌教者，應準起造禮拜堂及享受一切優利。這種答覆讓當時的日本很無奈，不過也正是因為這種答覆，日本在後來找到了藉口，認為中國對待佛教的態度和基督教有差別，因此就要求中方要給予日僧和西方基督傳教士一樣的權利。
清末新政之前，來華日僧主要的活動區域主要都是在東南沿海一帶的大中城市，而且傳教物件大多都是在華的日本人，由於並沒有深入到內地地區，所以大多數日本僧人都能夠和百姓相安接觸。但自新政過後，隨著來華日僧的不斷增多，由於沒有像西方傳教士那樣合法的權利，導致日僧在內地傳教非常困難，不過清廷一政策的改變，讓日本僧人有了可乘之機。1901年，清政府開始將新式學堂作為一項重要的建設內容，新式學堂成為了全國各地的一重要指標，但是想要修建新式學堂，各地遇到的第一個難題就是資金問題。
於是積累多年的寺廟就成為了各地官員覬覦的物件，道觀和寺廟由於數十年的積累，擁有大量的資金，於是在1902年秋天，朝廷釋出上諭，把各地的寺廟改為學堂，並提出“廟產興學”的口號。全國各地的寺僧勢單力薄，根本沒有能力與官府抗衡，只能依靠信徒極力抵制，有的僧寺為了抵制官府這種行為，乾脆自己創辦學堂，1903年，湖南長沙開福寺寺僧竺雲得到了日本僧人水野梅曉的幫助，在長沙創辦了湖南僧學堂。隨後也有部分寺廟自己創辦學堂，但是大多數僧寺的思想覺悟太低，對於創辦學堂紛紛抵制，1904年，杭州住持松風曾在杭州籌辦僧學堂，卻遭到了頑固保守寺僧們的嫉恨，在當年冬天，松風和尚慘遭毒害身亡。
看到這種情形，來華的日本僧人看到了希望，在日本僧人的謀劃之下，也讓形勢發生了急劇變化，隨著“廟產興學”之風的興起，日本僧人利用中國僧人為保護廟宇而飢不擇食的心理，慫恿中國寺僧接受日本本源寺的庇護。在這種情形下，日本僧人的活動得到了部分中國僧人的支援，這些僧人與日本僧人相互勾結，為來華日僧提供活動場所，並給日本僧人繳納保護費，想利用日本人之手，來與官府抗衡。面對日本來華僧人從事傳教活動的新情況，東南沿海一帶的都督們紛紛與日本展開了外交交涉，雙方愈演愈烈，不久，交涉就升級到中央政府和日本駐華公使的層面，根據《中日通商行船條約》的內容，日本認為來華日僧的傳教權利應當和“各國傳教使一體均沾”。
對於日本的無理要求，外務部指出中日通商條約並沒有涉及到傳教問題，對日本的要求進行駁回，隨後日本又認為中國不應該對佛教有所歧視，再次要求日本僧人應該和傳教士有相同的權利。中日正在緊張地交涉之時，在1904年年底，浙江地區35所中國寺廟冒用釋敬安的名義，聯名要求讓日本宗教派給與給予保護的提議，並謊稱釋敬安已經抵達日本，皈依日本佛教，這一件事在國內引起軒然大波，國人紛紛認為這是奇恥大辱。為了平息僧人的怒火，清政府只好頒佈停止“廟產興學”的諭旨，可在這之後的幾年時間裡，依舊有大量的中國僧人與日本僧人進行勾結，請求日僧的庇護。來華的日僧也從沒有停止過在沿海一帶的活動，甚至有的日僧為了獲利，竟與當地的山賊勾結，擾亂了當地的治安。
在經歷了庚子國難的慘痛教訓之後，清政府在對待傳教的問題上，有了一定程度的瞭解，在對外交涉上面，清政府也有了一定的外交經驗，懂得如何與他國討價還價，不再任由他人宰割。對於日僧來華的問題，地方官員更是小心翼翼，生怕因為小小的衝突，引起更大的外交事件，日本僧人和西方傳教士不同，他們在相貌上和中國僧人無異，如果雙方衝突事件升級，使得僧民仇恨加劇，到時候誰是日僧誰是華僧也難以辨別，勢必會殃及池魚，連累無辜。此時清政府也不再一味妥協，懂得了利用條約來維護國家的利益，再也不像以前那樣，一味遷就列強。
1905年，日僧來華引起糾紛日漸增多，中國各地都督紛紛商討方案，積極尋找對策，由此也可以看出中國地方官員對待涉外宗教事務態度上的變化，生怕日僧再次和民眾引發矛盾，如果再來一次庚子事變，風雨飄搖的大清可再也無力鎮壓。其實在處理日僧問題上，最積極應對的還是北洋大臣袁世凱，1899年他擔任山東巡撫以來，多次處理涉外宗教事務，袁世凱深知其中的複雜，他曾指出：“中國數十年來，各省教案迭出，或民教相仇，或兩教相鬥，未可列舉。加以日僧，則將來三教分立，各以勢力相傾，地方益復多事”，由此可見袁世凱對外來宗教理解之深。除了袁世凱外，各地都督也都在積極應對宗教糾紛，爭取民教都相安無事，同時地方官員也開始認識到，要用條約來據理力爭，而不是隻依靠民眾排外來抵禦外來勢力。
不過對於來華日僧傳教權利問題上，日本公使館雖然一直在糾纏，不過日本國內政府對此的態度並不太關心，原因有二，一是因為中國的態度比較強硬，二是日本和西方列強不同，喜歡用赤裸裸的軍事力量來霸佔中國的資源，對於來華日僧獲得的那點利益，日本政府根本不在乎，這些日本僧人反而還會破壞日本政府的計劃，所以日本政府不僅不支援，還曾大力打壓，要求日本僧人不得干擾中國地方官員辦案，一直到了1908年，這場長達四年的交涉才告一段落，在整個交涉過程中，中方一直沒有妥協，也沒有承認過日僧在華的合法權益，從各級官員對待此事的態度來看，可以知道，自從庚子事變之後，無論是清政府還是地方官，在處理涉外宗教事務上，都有了比較豐富的經驗。
不過由於日僧的插手，才讓清政府廢除了“廟產興學”的政策，保護了中國僧人的合法權利，不過此時，僧人內部卻自發修建新式學堂，並且自辦學堂逐漸風靡全國，這為民國之後的佛教復興，打下了堅厚的基礎。