瓜蔞是常用的中藥，從前經常看到很多的農村家庭在窗戶上或房樑上懸掛用細繩子串起來的瓜蔞，這是因為瓜蔞味甘性潤，很容易生蟲，所以要放置在乾燥通風之處。

瓜蔞性味甘寒，歸肺、胃、大腸三經，具有清熱化痰，潤燥止咳，理氣寬胸散結。在入藥時有全瓜蔞、瓜蔞皮、瓜蔞仁之分，瓜蔞皮質輕力薄，利膈寬胸，重在清熱化痰，寬中利氣，治痰熱咳嗽；瓜蔞仁質潤多油，偏於潤腸，治腸燥便秘；全瓜蔞既能清上焦之積熱，治肺燥傷津之咳嗽痰稠，咳吐不暢，喘急胸滿煩悶；又可化痰濁膠粘，治痰濁上湧之胸痺、心痛、胸膈滿悶作痛；而且還能潤燥滑腸，治腸燥失潤，大便燥結；另外，還能消癰腫瘡毒，治肺癰、腸癰、乳癰等，尤其適合於乳癰初起，尚未成膿時。瓜蔞和瓜蔞皮、瓜蔞仁在方劑中的應用也有差別，如以瓜蔞為主藥的瓜蔞薤白白酒湯治療胸陽痺阻，痰飲蓄積於中而形成的胸痺，對於心絞痛也有一定的療效。痰涎結聚較重者，原方可加半夏，稱瓜蔞薤白半夏湯；以瓜蔞皮為主藥的瓜蔞皮桑白湯治肺瘟；瓜蔞仁湯治氣鬱成痰，氣噎痞痛等。

天花粉是瓜蔞的根，性味甘酸寒，歸脾肺二經，質實多粉，清熱止渴，益胃生津，消腫排膿，主治陰虛津傷之口渴咽乾，熱毒癰腫，肺熱咳嗽，肺虛燥咳，咳血等，在治療消渴病時多有應用，如朱丹溪之消渴方。貝母瓜蔞散中用瓜蔞與天花粉的組合治燥痰證。