隱佔田畝問題歸根到底是土地兼併問題，而隱佔田畝比之土地兼併的破壞性更強主要是因為隱佔田畝的隱蔽性。
王朝初建之時，土地重新劃分，
田土的分配因中國古代封建王朝的農業屬性而相對公平
，這主要是因為當時的生產力以土地為基礎。
因此為了政權的穩定，統治者的初衷在於保持土地分配的相對均衡，以避免百姓離開土地，衣食無著最後無奈造反的情況發生。
宗室、官僚、豪紳隱佔田畝
明朝建國之初，明太祖即意識到了土地嚴重兼併的危害，對此極為警惕，詔曰：“耕者驗其丁力，計畝給之。使貧者有所資，富者不得兼併。若兼併之徒多佔田以為己業，而轉令貧民佃種者，罪之。”故而土地兼併問題在明前期並不嚴重。
但宗室、封建地主與官僚階級對於土地的渴望是沒有止境的，隨著明政府對地方政權的掌控日漸減弱與各階層貪慾的不斷膨脹，
隱佔田土這一土地兼併的新形式走上了歷史舞臺，嚴重危害了明政府的財政穩定。
宗室與官僚的特權
明初宗室依靠皇帝的賜予擁有大量的土地：“太祖賜勳臣公侯丞相以下莊田，多者百頃，親王莊田千頃。”
永樂之後，宗室被迫退出了政治舞臺，失去了在軍事上有所作為的機會，
只能追求生活上的安逸與享受。
由於農業社會下土地的根本性生產資料性質，宗室對於土地愈發貪婪，往往透過奏討與他人投獻兩種方式獲得大量土地。
所謂奏討，即宗室向皇帝指地討要，但凡討要之地，不管官田民田，有主無主，俱稱為“空閒棄地”，但凡皇帝應允，便據為己有，
這從實際上違背了明初“各處人民先因兵燹遺下田土，他人開墾成熟者，聽為己業”的法令
，極大打擊了農民積極開墾荒地的意願。
而投獻則分為他獻與自獻，其中貓膩甚多，尤其是他獻，往往是地方豪強為討好權貴而將他人土地強行投獻給宗室以達到巴結討好等目的，而被投獻土地的農民則被迫破產，淪為佃農或僕役。
長此以往，宗室得地愈多，而朝廷稅收愈少。官僚的土地最初也源於皇帝的賜予，以衝抵品級較高官員的歲祿。
而隨著時間的推移，到了正德年間，“京官三品以上免田四頃，五品以上三頃，七品以上二頃，九品以上一頃，外官則遞減之，無田者準免田丁。”
該法令大大激發了官員兼併土地的積極性，而大量農民為免除賦役，紛紛將自己的土地掛名至官員名下，是為“詭寄”。
地主階級的逃稅
地主階級的逃稅主要是由於明政府收繳田賦的根據——魚鱗圖冊嚴重失真所造成的。魚鱗冊是明太祖以黃冊（戶籍資料）為基礎，下令地方丈量田土繪製的。
因該冊帶有圖示，清晰劃出了土地的形狀、界限與歸屬，描繪詳細，狀如魚鱗，故稱魚鱗圖冊。明初法令規定魚鱗冊每年審查一次，每十年則要徹底清查一次，
以便政府掌握真實的土地資料。
這種巨大的工程量與苛刻的時間要求在當時的歷史條件下是不可能實現的，
封建王朝沒有當代先進的統計技術與便利的通訊條件
，這種規定逐漸成為一紙空文。
洪武二十六年，田畝在冊數850769368畝，而到了宣德元年，田畝在冊數僅為412460600畝，短短33年間，在冊田畝竟不到一半，與之對比的是，在冊人口數由洪武二十六年的60545812人下降到了51960119人，僅下降了百分之十四左右，這不由讓人對魚鱗冊在冊田畝數的真實性產生極大懷疑。
正德年間兩次清查田畝結果均為469723300畝，而嘉靖年間三次清查田畝結果差距極小，這均說明了魚鱗圖冊的失真情況之嚴重。
魚鱗圖冊的統計由地方完成，而地方官吏既無能力確保魚鱗圖冊的真實性，又有動機隱瞞田土以與地主階級交換利益亦或利用職權瞞報自有土地，
可以說魚鱗圖冊的失真是必然的，地主階級逃稅水到渠成。
寶鈔制度
寶鈔制度的設計是明太祖過於迷信行政權力的產物，從創立之處即存在先天性的缺陷。洪武八年，中書省制大明寶鈔，明太祖以行政手段強制民眾接受寶鈔為法定貨幣，並同時禁止了金銀等貴金屬通貨在民間流通：“禁民間得以金銀物貨交易，違者罪之。”
寶鈔成為唯一大額合法貨幣，只有小額交易方可使用銅錢。到了洪武二十七年，由於寶鈔在民間的認可度不高，明太祖再次依靠行政權力強制民間禁用銅錢：“令有司悉收其錢歸官，依數換鈔，不許更用銅錢行使。限半月內，凡軍民商賈所有銅錢悉送赴官，敢有私自行使及埋藏棄毀者罪之。”
寶鈔作為信用貨幣沒有準備金制度作為保障。此外，
寶鈔的製作成本低廉，實際價值十分有限。
明政府不得不透過行政法令來強行規定寶鈔的價值：每一貫寶鈔的價值等同於一千文錢、銀一兩；每四貫寶鈔的價值等同於黃金一兩。
這種匯率並無實際意義，貨幣之間只能單向流通，即只能以黃金、白銀與銅錢兌換寶鈔，而不能以寶鈔兌換其他金屬貨幣。
這種制度設計是極不符合市場規律的，不能以寶鈔換取金屬貨幣意味著寶鈔沒有任何實際價值，而僅僅是政府掠奪民間財富的工具。
寶鈔制度實質上成為一種遊離於法律之外的新形式的稅收。
在寶鈔設計之初，明政府甚至沒有考慮到寶鈔作為紙幣破損以後該如何流通的問題，直至寶鈔在流透過程中破損情況已經相當嚴重之時，才頒定了新舊寶鈔相互兌換的“倒鈔法”，這加劇了舊鈔的貶值，使貨幣市場更加混亂。
隨著財政壓力的日漸增大，隨意發鈔使寶鈔制度徹底崩潰。明政府簡單的認為發鈔成本極低的寶鈔發行權在於政府，因此財政緊缺發鈔即可，而忽視了通貨膨脹的問題。
在很短的時間裡，寶鈔貶值劇烈，與政府規定的貨幣兌換匯率相差越來越大，寶鈔的實際價值近乎廢紙，購買力大大降低。
民間對寶鈔失去信心，紛紛使用白銀等金屬貨幣，即使朝廷禁止也在所不惜。自弘治以後，寶鈔失去了在商品流通中的支付作用，失去了實際的存在意義，
人民在日常生活方面使用的是以白銀為代表的貴金屬貨幣與銅錢，鈔票已經不用了。
寶鈔制度的破產使明廷失去了貨幣體系的主動權，失去了貨幣這一調控經濟的重要工具。從此之後，中國的貨幣體系逐漸進入了實質上的銀本位。
白銀貨幣化標誌著明代社會的轉型，促動了農業社會向農商結合社會的轉變，為後來張居正的改革提供了重要的前提條件。
稅收的彈性問題
明代的財政收入與土地高度相關。在商品經濟落後的前中期，明代社會是典型的農業社會，賦役基本均由農業人口承擔，收上來的稅收也基本是以農作物為
代表的實物。
古代農業人口主要需承擔的稅收為田賦與丁賦，明代也不例外。
在明太祖統治期間，他確定了稅收定額制度：洪武二十六年，全國田賦收入超過3200萬石。明太祖認為這個數額足以支用，遂宣佈永久免除北方各省新墾田土的田賦，以此定額為基準固定了田賦收入。田賦定額後來偶爾有所調整，但一直是圍繞著3200萬石這一數字進行的，調整範圍也相當有限。
雖然各地田賦負擔大小存在區別，但就全國層面來說，田賦給農業人口帶來的負擔並不算重，田賦約佔總產量的3%。
這種針對田賦這一主要財政收入的固定忽視了隨著時間推移稅基的變化，如生產力的提高與降低，人口的增長與減少，是較為僵化的。
商業稅等其他稅收始終在明代政府收入中所佔比例不高並非由於商業不繁榮，恰恰相反的是，由於明中後期白銀大量流入，
明政府對流轉稅的缺乏重視以及商業相關稅率較低，商品經濟愈加繁榮。
稅收缺乏彈性使明政府財政極為被動，往往只能量入為出，遇到天災戰爭等情況只有選擇攤派，
而攤派給了地方橫徵暴斂的機會，成為後來明朝滅亡的直接原因之一。